企業在進行MES需求分析時，如果界限劃分不清晰，即便是從業務角度分析出來的需求，也將面臨新的挑戰。
從企業實施信息化的先后來看，MES是相對實施的系統，因此企業在進行MES需求分析時，往往會將之前相應系統沒有實現，或實現不好的功能希望通過MES來解決。
即便是成熟的MES系統，在實施的過程中也需要結合企業的實際情況進行一定的二次開發，為MES的個性化需求開了一扇窗，套用一句俗語來反映企業在進行MES需求分析的心態“MES是個筐，什么都想往里裝”，導致做出來的MES需求分析變成了四不像。
因此，MES需求分析，除了解決業務管理的需求外，劃清系統邊界是非常關鍵的（當然其他系統的需求分析也面臨同樣的問題）。
● 首先，要解決的是MES可能會與哪些系統會發生關系？
通常而言與MES會發生緊密關系了系統有ERP、SCM、PDM、自動化設備，其次是QIS、EMS、eHR、安全管理等。
● 其次，分清楚各種系統所擅長的功能
以EAM為例：MES側重的是設備狀態管理、設備維修管理、設備能力、設備使用等管理，而EAM則可實現對設備的全生命周期進行管理，包括設備采購、設備維修、設備跟蹤、設備處理等。
● 再次，對于系統之間的關系進行切割（劃清系統邊界）
例如讓EAM側重于設備資料、設備維修等方面的管理，MES側重于設備實時狀態、運行效率等方面的管理。
● 結尾，劃清系統邊界后，考慮清楚系統間集成的方式。
當然經過分析，由于歷史等諸多原因，必然會存在切割不清晰的地方，是允許暫時雙系統共存的，但要考慮好數據的一致性問題，并且明確切換的時間表。
切割清楚系統之間的邊界的好處是：
● 首先，專業系統做專業事，問題發生時，可以清楚的劃分問題源頭；
● 其次，需求目標明確，實施落地就可能有保障（可具體到某個系統的某個模塊，即便要二次開發，也清晰的知道是在哪個系統中實現，而不存在兩者皆可的問題，更為關鍵的是可以進行統籌考慮）；
● 寄語，需求分析過程通過與業務部門討論清楚系統切割后，讓業務部門對系統有了明確的預期，而不會造成不必要的誤會（例如為什么提的需求在MES中沒有響應）。